HSE管理体系认证与普通三体系认证有显著的不同。HSE管理体系，也就是健康（Health）、安全（Safety）和环境(Environment）三位一体的管理体系，主要应用于国际石油行业，特别是在油气勘探开发和施工行业中使用，用于管理这些领域的健康、安全和环境风险。

HSE管理体系认证的核心是责任制，这个过程包括识别与评价，以及采取有效的防范手段、控制措施和应急预案来防止事故的发生或把风险降到最低程度，以减少人员伤害、财产损失和环境污染。

另一方面，普通的三体系认证通常指的是ISO 9001质量管理体系认证、ISO 14001环境管理体系认证以及ISO 45001职业健康管理体系认证三种单独的体系认证。这些标准虽然也致力于提高组织的内部管理水平和运营效率，但它们各自独立，只覆盖了特定的管理领域。